Pierwszym krokiem jest wybór pendrive'a o szybkiej transmisji danych. W przeciwnym razie programy będą się wolno otwierać i wolno działać. Maksymalna prędkość zapisu – 15 MB/s i maksymalna prędkość odczytu - 28 MB/s, powinny wystarczyć. Pendrive powinien mieć wystarczająco dużą pojemność, tak aby pomieścić aplikację, które będą nam potrzebne.

Trzy dostępne wersje aplikacji Portable apps Po wyborze pendrive'a, czas na ściągnięcie programu i wybór wersji wspomnianej wyżej aplikacji o nazwie Portable Apps, którą ściągamy ze strony www.portableapps.com na pendrive i tam instalujemy. Instalacja przebiega standardowo.

Aplikacja jest dostępna w trzech różnych wersjach, które różnią się od siebie ilością już zainstalowanych programów, a tym samym i rozmiarem, który trzeba brać po uwagę, jeśli pendrive ma małą pojemność. Pierwsza, „najlżejsza” wersja ma do wyboru wiele języków, pozostałe dwie są dostępne tylko po angielsku.

Po wyborze wersji i zainstalowaniu aplikacji na przenośnym dysku, czas na rozpoczęcie pracy z programami. Jeśli w danej wersji nie ma programu, który jest nam potrzebny, możemy go zainstalować, lista programów dostępnych znajdują się na stronie www.portableapps.com/apps. Do wyboru są programy typowo biurowe (m.in. pakiet OpenOffice, przeglądarka www, klient poczty, kalendarz), programy do obróbki grafiki, muzyki, programy użytkowe np. do katalogowania plików, ich pakowania, programy antywirusowe, a nawet gry.

Dodatkowo aplikacja pozwala na tworzenie kopii zapasowych całej zawartości dysku na którym jest zainstalowana, którą warto wykonywać.